男孩陰莖短小，應根據病因進行治療，常見原因以及措施如下：1、陰莖發育不良：部分男孩陰莖短小，用手去觸摸陰莖體時可以發現陰莖體發育不良，同時較為纖細，需要小兒內分泌科醫生進行處理和治療，檢查性激素、性腺功能、垂體功能，同時觀察睪丸發育情況，從而進行綜合判斷后進行對癥治療；2、隱匿性陰莖：部分男孩陰莖短小屬于隱匿性陰莖，即陰莖外觀看上去較小，用手觸摸陰莖體時可以發現基本發育正常，只不過大部分陰莖埋藏于皮下，被周圍脂肪以及皮膚包裹，外觀呈鳥嘴樣或螺絲樣，用手去推擠男孩龜頭后陰莖體可以完全暴露，同時周圍陰莖皮膚缺失，此類男孩后期通常需要進行手術矯正。手術主要針對3-6歲的男孩，充分游離陰莖體周圍束縛陰莖體的筋膜組織，游離完畢后充分釋放陰莖體，同時將陰莖根部固定于皮下，做包皮口成形，以還原陰莖體的基本外觀。