自體干細胞移植比較安全，痛苦相當于做超大劑量的化療，實際也會有比較強的胃腸道反應，病人有惡心、潰瘍、腹瀉等反應。 之后有骨髓抑制期，比如三系血低，甚至有一些病人合并感染、發燒，但是安全性非常高，國外自體移植可做到75歲，甚至更高的年齡，死亡率不超過5%。國內因為人群更年輕，大多數都在60-65歲，因此安全性更高。