大腦皮層保持興奮狀態，部分腦干出顱以后會慢慢縮小形成腦干，然后再細小為脊髓。導致意識障礙常見原因，即大面積腦部病變導致大腦半球大面積梗死，從而使大腦半球功能消失。另一側大腦會因為水腫導致壓迫，使雙側大腦半球功能消失，導致昏迷。影像學檢查可以看到腦部移位，即一側腦部特別腫脹導致大腦中間結構移位，被未發病側壓迫可出現昏迷。 若腦干，即腦部出顱的部分，其存在上行網狀激活系統。若腦干發生較大面積梗死，也可導致意識消失，從而出現昏迷，所以大面積腦梗以后容易出現昏迷。