沙眼衣原體感染是非常重要的性傳播疾病，和艾滋病的感染沒有太大關系，但沙眼衣原體感染在免疫缺陷的病人，可以形成合并癥，比如女性艾滋病病人如果有沙眼衣原體感染，可能更容易繼發子宮內膜炎、輸卵管炎或患盆腔炎。對于男性艾滋病病人更容易繼發附睪炎、肛門直腸感染。因此艾滋病人群沙眼衣原體感染應該受到重視。我國家對于沙眼衣原體感染，尤其生殖道沙眼衣原體感染重視程度遠遠不夠。 沙眼衣原體引起的最大的危害是不孕不育，沙眼衣原體可以造成男性、女性泌尿生殖道的炎癥，尤其可以造成女性輸卵管炎、子宮內膜炎、盆腔炎，造成不孕不育甚至宮外孕的風險。所以在發達國家25歲左右的女性，每年都建議檢測沙眼衣原體感染，如果發現及時治療，會大大降低不孕不育的人群。而我國家沒有嚴格推廣這項活動，造成沙眼衣原體感染感染從而導致會不孕不育。沙眼衣原體感染和艾滋病同屬性傳播疾病都應該受到重視，兩者之間的感染沒有必然關系，但是作為同類，如果有沙眼衣原體感染，也是應該查艾滋病。