自體骨髓移植目前主要用在治療某些惡性的血液病，實際整個骨髓移植分為自體骨髓移植與異體骨髓移植。 目前，異體骨髓移植在臨床的使用要多于自體骨髓移植。任何一種醫療治療手段都有成功與失敗兩種情況出現。 相對于異體骨髓移植，自體骨髓移植的成功率要稍高，但也有風險。其成功率與不同疾病與疾病狀況，還有患者年齡，不同的治療方式都有很大關系。 相對異體骨髓移植，自體骨髓移植的風險要稍小，因為其不存在嚴重排異反應，并發癥比異體骨髓移植少。尤其是用自體造血組織，相對而言造血恢復也較快，所以相比異體骨髓移植成功率大大提高。 但任何事情都是雙刃劍，自體骨髓移植由于沒有采用異基因的骨髓移植，所以疾病的治愈率方面相對稍差。