自體骨髓移植是很大的治療項目，治療項目越大，在醫學上治療風險也越大。自體干細胞移植的風險主要體現在以下幾個方面：1、臟器損害：預處理，即大劑量化療過程中所帶來的風險，主要是肝腎功能損害、心臟損害、口腔潰瘍、口腔炎，病人毒副反應比較重；2、感染：預處理后骨髓造血功能已經徹底消失，植入的種子細胞還沒有完全建立造血功能時，這時是免疫空檔期，病人容易出現發燒或感染；3、植入失敗：還有植入失敗的風險。