做腸鏡理論上可能傳播傳染病，如艾滋病、乙肝、丙肝、梅毒等本身可以通過血液傳播，也可以通過接觸感染者的體液傳播。做腸鏡可能有出血的風險，更可能有體液。如果腸鏡沒有得到認真的消毒，在給下一位患者做時，可能通過損傷的黏膜傳播疾病。因此在做腸鏡前，通常要求對要做檢查的人進行傳染病方面的檢測，以確保安全。一般包括乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病檢測，但即使是感染者也有權利做腸鏡檢測，只需要在做檢測后，將腸鏡進行認真、規范消毒，便可以避免傳染給下一個人。但如果患者是去不太正規的機構就診，可能沒有做嚴格消毒，腸鏡可能被病原體污染，在下一個檢查者做檢查時，腸鏡可能作為傳播媒介，將傳染病傳播給其他人。但在現實中可能性還是相對較小，腸鏡和其他檢查不同，本身是比較污染的操作，所以通常對腸鏡都會進行沖洗消毒，不會重復使用，因此若患者是去正規機構就診便不必過于擔心。