做腸鏡檢查通常不會感染傳染病，每個內鏡診治中心都嚴格按照國家規定進行消化內鏡消毒，嚴格消毒后才進行操作。每個病人進行腸鏡后，使用的每一根鏡子都要到消毒間進行嚴格清洗、消毒，需要經過初洗、酶洗、浸泡、消毒，以及再次反復沖洗、吹干幾個步驟，大約要耗費20分鐘，從而保證每個鏡子干凈、清潔，沒有細菌、病毒殘留。 每個內鏡中心有專門的洗消室，有專門消毒的工作人員。每根鏡子拿出來檢查前以及結束后，都要進行嚴格消毒。晚上放進儲鏡柜內，儲鏡柜本身也具有消毒功能。所以，在整個大腸鏡檢查過程中，不會感染傳染病，都會經過嚴格消毒，屬于無菌的檢查器械。