三叉神經痛引起的原因，發病機制當中，以前認為可能是因為三叉神經中樞，就是在腦干位置有異常的神經元興奮導致的放電。所以這就可以解釋三叉神經痛給予抗癲癇藥物，也能夠改善三叉神經痛的癥狀，用一般的消炎止痛藥可能效果不是很好，這是三叉神經痛傳統的一種學說。現在越來越多的證據表明，三叉神經痛常見的原因當中，就是三叉神經從腦干出來的地方有微血管瓣，可能會壓迫三叉神經，因為微血管瓣是動脈血管，有彈性，可以接近三叉神經然后壓迫，導致三叉神經表面包裹神經的髓鞘出現缺血、壞死，髓鞘剝脫會導致環路像電線一樣出現短路，反復刺激形成比較頑固的三叉神經痛。因此頑固性三叉神經痛的患者，建議進行顱內三叉神經微血管成像，主要觀察三叉神經和血管之間是否有密切的壓迫關系。如果有，可以在功能神經外科做手術，在血管和三叉神經之間墊敷料隔開，可以減少血管對神經的壓迫和刺激。