1980年德國醫學界為此組織了644位專家對557萬例次醫用三氧治療進行了回顧性分析，發現其中40例出現過敏反應等副作用，發生率為7/100000，未發現致殘、死亡報道。 雖然三氧大自血療法操作本身并不難，熟練靜脈穿刺的醫護人員就能準確操作，但是如果操作不當，會出現一些并發癥。如靜脈炎，短時間內反復多次在同一血管周圍穿刺、靜脈導管過粗過硬，無菌操作不嚴格、微生物由穿刺點沿穿刺針或導管進入、管內血液殘留、裝置污染、三氧大自血血袋、三氧耗材包裝破損或者過期。此時需要停止在患肢靜脈輸液，局部進行熱敷或熱濕敷，中草藥外敷，必要時全身應用抗生素治療。營養不良、免疫力低下的病人應加強營養，增強機體對血管壁創傷的修復能力和對局部抗炎能力。 如果發生過敏反應，臨床表現輕者出現發熱、皮疹，嚴重者病人突然感到胸悶、氣短、面色蒼白、冷汗、紫紺、頭暈、眼花、煩躁不安、抽搐、血壓下降、意識喪失、大小便失禁，重者喉頭水腫，病人呈瀕死狀態。預防和處理需要詢問過敏史，密切觀察病人輸注后的反應，出現過敏休克，立即進行搶救。開始時輸入滴速不宜過快。