腦囊腫手術在上個世紀，手術方式主要是開顱進行囊腫剝離，但手術效果較差，創傷較大。目前已改變手術方式，進行囊腫腹腔分流手術，這種手術創傷較小，手術早期效果較好。但后來隨病情延長，尤其低齡兒童幾年以后甚至十幾年以后可能出現分流管依賴和過度分流等情況，處理較為棘手。 而隨著神經內鏡技術進步，更多主張進行內鏡下囊腫開窗和蛛網膜下腔充分溝通。采用這種手術方式，手術效果將大大改善，創傷較小，所以手術風險較低。蛛網膜囊腫的患者一旦出現癥狀，現在更多推崇神經內鏡手術。而隨著內鏡技術不斷進步，大部分蛛網膜囊腫患者能夠獲得的良好治療效果。