痰結核分枝桿菌檢測是早期診斷結核的方法，并且也是制定化療方案和觀察療效的主要依據。痰結核分枝桿菌的檢查分為兩種，一種就是痰涂片進行分枝桿菌的檢測，此方法主要是做痰涂片的抗酸染色，即痰涂片細菌的抗酸染色。如果抗酸染色陽性，說明有分枝桿菌的存在。但是分枝桿菌不只是包括結核分枝桿菌，還包括非結核分枝桿菌，由于非結核分枝桿菌引起感染的幾率非常低，所以痰抗酸染色陽性，通常被認為是結核分枝桿菌感染的標志。痰涂片中找到抗酸染色陽性的細菌，都認為是找到結核分枝桿菌，可以作為肺結核的診斷依據。痰結核分枝桿菌的培養，是結核分枝桿菌感染診斷的金標準，但其一般用時比較長，需要2-8周。另外做痰結核分枝桿菌的檢測，痰液的收集也非常重要。由于結核分枝桿菌的排菌具有間歇性和不確定性，所以對初治的病人或初次診斷的病人，需要連續送3份的痰標本進行檢測。