寶寶腹瀉時所選用的益生菌，取決于寶寶腹瀉的原因，具體如下：1、牛奶過敏：若寶寶是牛奶蛋白過敏引起的腹瀉，選取益生菌時，一定要仔細看配料，所選的益生菌配料里不可以有奶粉；2、乳糖不耐受：若是乳糖不耐受引起寶寶腹瀉，此時盡量不要選取含有乳糖配料成分的益生菌；3、寶寶沒有上述原因：若寶寶沒有乳糖不耐受、牛奶蛋白過敏的情況，選取益生菌的禁忌相對較少，此時根據年齡以及適合的口味來選取益生菌即可。每一個寶寶的腸道益生菌菌群有差異、個體性，可能某些益生菌的應用效果也會有不同，因此要根據寶寶的具體情況，選取適合寶寶的益生菌劑型以及種類。一般中國的益生菌品種很多，但中國規定應用的益生菌的菌株只有十幾種，不同的廠家可能選取的菌株會略有差異。因此每一個寶寶可能的對益生菌的效果也會有差異，所以根據寶寶自己的特點是否適合，選取適合寶寶的益生菌，此時需要選擇寶寶喜歡吃，而且吃了效果好的益生菌。此外，使用益生菌時也要注意療程。一般不建議長期應用益生菌，若寶寶有需要吃益生菌，可以吃1-2周觀察，一般最長的時間不建議超過3個月。當寶寶的相關癥狀緩解后，要及時停用益生菌，因為長期應用益生菌，也影響寶寶自己益生菌系統的建立。