如果腹瀉屬于功能性腸病，可以通過服用益生菌緩解，改善腸道內環境，起到調節大便性狀的作用。但如果腹瀉存在明確的器質性病變，益生菌可能只會起到一定的輔助作用。如果近期出現排便習慣改變，可能考慮為結腸占位性病變，此時如果不將病因去除，益生菌也不能發揮較好的效果。如果經常腹瀉同時又伴有黏液膿血便，可能為潰瘍性結腸炎，此時益生菌只能起到輔助治療作用，可以選擇美沙拉嗪，嚴重者可能會使用激素、免疫抑制劑，甚至生物制劑治療。但是對于功能性腸病，如腸易激綜合征，在使用益生菌治療的同時，還會輔以調節腸道運動的藥物，如匹維溴銨、馬來酸曲美布汀等。