淋球菌感染后沒有采取正確的治療手段或沒有選用正確的藥物，治療不徹底會導致慢性淋球菌感染，稱為慢性淋病。 慢性淋病在女性中的發病率遠高于男性，由于50%女性宮頸感染者沒有任何臨床癥狀和不適，可能僅表現為白帶分泌物增多、膿性分泌物，或僅出現輕度的瘙癢表現，所以很容易漏診或沒有及時診治。 慢性淋病的治療需要根據患者感染部位、是否有血行播散或并發癥決定治療時間和治療方法。如果出現血行播散，導致患者出現心內膜炎或腦膜炎，慢性淋病的治療時間可能會長達數周。如果沒有并發癥，僅僅伴有尿道炎、宮頸炎，可能只進行一次治療即可。