慢性淋病通常都是因為患者早期沒有經過足量規范的用藥引起的。慢性淋病相對于急性淋病而言，療程需要延長。如使用頭孢曲松鈉1g/d，一般需要使用7-10天左右。 在療程結束停藥1周至10天后，有的甚至在停藥2周后，即停藥時間越長，復查可能越準，要進行實驗室檢測，進行淋球菌的涂片檢測和PCR檢測，查看患者是否仍為淋球菌感染。如患者對頭孢曲松鈉過敏，可選擇大觀霉素，療程同使用頭孢曲松鈉一樣，也是至少使用7天。 通常認為淋病發病時間在1個星期之內，像男性比較明顯的流膿，就可認為是急性淋病。 患者沒有經過規范的治療或早期未進行治療，他出現癥狀時間就比較長，持續時間在1個星期以上，或2個星期遷延不愈，一直都有尿道的膿性分泌物或者少量分泌物，這種情況就認為是慢性淋病。 對于女性，臨床上多見的還是慢性淋病，主要因為女性淋病癥狀非常不典型，女性患者根本不知道自己患有淋病，所以根本無法確定她的病期，只能夠通過詢問患者大概什么時候發生過高危性行為，來判斷這個患者的病程大概有多久。 當然部分患者她并不能完全提供她的病程有多久，通常這種情況下可能就按慢性淋病進行治療，療程要相應延長。