胰腺穿刺是微創手術，但手術風險較高。因為胰腺穿刺多針對存在胰腺腫瘤的患者，腫瘤血運較豐富，在穿刺手術過程中容易造成血管破裂、此外，如果穿透胰管，造成胰瘺，手術風險較高。 此外，與傳統開腹手術，切割縫合不同的是該手術是使用超聲胃鏡進入胰腺腫瘤周邊組織，常見為十二指腸壁和胃壁等緊貼著腫瘤的組織，在扇掃超聲胃鏡引導下，穿刺針經胃壁或十二指腸壁刺入胰腺腫瘤，獲取胰腺腫瘤組織，但在獲取胰腺組織進行切割的過程中，可能造成胰管斷裂或血管斷裂，引發大出血或胰瘺，所以盡管手術本身創傷不大，但風險性較高。