耳后神經疼、頭疼的原因如下：1、神經疾病：耳后神經分布有面神經分支、三叉神經分支、舌咽神經分支、枕大神經分支等。神經分支在受到某種病變刺激的影響下，會引起疼痛，比如面神經炎、三叉神經痛、枕大神經痛；2、耳部疾病：如中耳疾病、外耳道疾病等；3、口咽部疾病：如牙齒疾病、咽喉部疾病等，也可以刺激神經而引起疼痛。患者應該及時就診，請專業醫師進行診斷和鑒別診斷，找到確切病因后對因處理，其次進行對癥處理，比如使用解熱鎮痛劑、神經營養劑、B族維生素等藥物，以及進行理療等綜合措施。