室間隔缺損的治療方法主要是手術治療，包括體外循環下的心內直視修補手術和微創傘封的介入封堵手術。手術方法的選擇主要根據缺損部位以及是否合并其它畸形來決定。因為室間隔附近的結構相對重要、復雜，如傳導束、心臟瓣膜等，介入傘封會在進程中對其造成一定的影響，因此目前室間隔缺損常選擇體外循環下直視的手術。手術位置相對安全的患者，經過外科醫生評估后，可以選擇微創傘封介入封堵的手術。 除手術方法的選擇外，手術時機的選擇也和預后有很大關系。0.5cm以下，位于膜周部的室缺可以自愈，建議患者在門診隨訪到5-6歲，即學齡前期，如果此時沒有自愈，則應選擇手術治療。另外，存在反復呼吸道感染或生長發育落后的患兒應提前進行手術。1cm以上大型的室間隔缺損，或伴有肺動脈高壓的患者容易出現心力衰竭，建議盡早手術。