抗生素常用于治療細菌感染，除細菌之外，感染相關的其它的微生物，比如病毒感染、真菌感染、寄生蟲感染、支原體、衣原體、立克次體，都屬于微生物感染，通常抗微生物治療包括以上所有的微生物。治療細菌感染常用抗生素是青霉素類以及β-內酰胺類的抗生素，包括青霉素類的和頭孢類，以及碳青霉烯類抗生素。 日常發生的呼吸道感染和胃腸道的感染，常使用青霉素類，或者半合成青霉素類的阿莫西林或者是頭孢類的抗生素進行治療。其次，喹諾酮類的抗生素，比如氧氟沙星、環丙沙、莫西沙星、呼吸道喹諾酮，也可治療呼吸道感染。四環素類抗生素臨床應用較少，大環內酯類抗生素常用于治療支原體、衣原體感染。外用的抗生素如莫匹羅星、夫西地酸，當發生皮膚感染時，可使用外用抗生素治療。