在服用根除幽門螺桿菌的藥物時，原有的消化不良癥狀可能會有所緩解，即胃脹、胃痛等癥狀可以緩解。患者大便不成形、稀溏，在服用抗生素以后可以成形，且排便順暢。服用藥物產生的不良的反應，可能是治療幽門螺桿菌的藥物中，某些抗生素會導致輕微的腹部疼痛、臍周脹滿或腹瀉、便秘等反應。另外呋喃唑酮等藥物可能會對消化道產生刺激。此外鉍劑可能會導致舌頭、大便染黑，但并不是急性上消化道出血。服用幽門螺桿菌的藥物可能會產生正面反應，即原有癥狀會減少、消失，但也可能產生不良反應，而出現新發癥狀，停藥以后通常能夠恢復，例如舌苔、舌頭，大便變黑，停藥2-3天以后均可恢復，通常不會出現任何不良反應。服用治療幽門螺桿菌的藥物，一定要規范服用，不能因不良反應而隨意停藥，否則細菌則難以根除。