對于腔隙性腦梗死的治療，根據臨床表現不同，治療也不同。急性的腦卒中表現的患者，一般是遵從于急性腦血管病的治療原則。如有些患者在發病早期會采取溶栓的治療措施。如果經過評判不符合溶栓標準，會給予患者抗血小板藥物和他汀類的藥物，針對基礎疾病治療，配合神經保護的藥物。 如果腔隙性腦梗死表現為慢性過程，以認知功能受損為主，除針對基礎疾病的治療外，還要給患者改善認知的藥物。通過早期的改善認知藥物的治療，防止患者出現血管性癡呆的臨床表現，以免造成嚴重的生活自理能力下降。