胃間質瘤的癥狀因人而異，具體由腫塊大小、部位及生長方式決定。一般遇到的患者往往沒有癥狀，這部分患者約占1/3。部分患者腫塊比較大，疾病發展到一定程度，可出現進食后飽腹感明顯，腫塊如果位于賁門口，可出現吞咽困難、腹部脹滿不適的癥狀。 少數患者還會出現惡心、嘔吐，甚至嘔血、黑便。極少數患者可出現低血糖或者呼吸困難。所以，胃間質瘤的癥狀與其大小有關，間質瘤較小的患者，常無任何癥狀，瘤體較大且生長位置不好時，可表現出一些消化道癥狀。