內鏡以及超聲內鏡、CT檢查，明確診斷為間質瘤的患者，通常建議進行外科手術治療。多數患者不會通過淋巴結轉移，手術切除范圍距腫瘤邊緣2cm以上即可，腫瘤生長部位特殊者，如腫瘤靠近賁門者需切除近半側胃；靠近幽門者需切除遠半側胃；其他部位腫瘤僅做胃局部切除即可。合并周圍器官侵犯，如脾臟、肝臟侵犯，需聯合進行臟器切除，包括脾切除、部分肝臟切除。