普通腸鏡檢查一般20分鐘內可完成，具體因人而異。部分患者做腸鏡操作時，進鏡非常順利，2分鐘能夠到達回腸末段，腸鏡檢查可能10多分鐘即可完成。退鏡觀察一般最少＞6分鐘，需將整個結腸的黏膜觀察到位。部分患者存在困難進鏡，如做過腹部手術的人，可能存在腸粘連，還可由于腸道腫瘤，導致腸道牽扯，導致進鏡較困難。這時需10多分鐘，甚至20多分鐘才可進入結腸的末段，這類腸鏡檢查時間較久。另外，需看腸鏡下治療的類型，如果腸鏡下息肉較多，鉗除或切除時間相對較長，需半小時，甚至更長時間。