胃鏡、腸鏡檢查均可進行無痛操作，麻醉下操作無疼痛感覺。普通胃腸鏡檢查均存在一定不適感，但多數患者均能夠配合醫生完成檢查。胃鏡經過咽喉部進入胃內易產生牽拉，患者產生明顯的惡心不適；腸鏡從肛瓣內進入腸腔，檢查過程中可有腹脹、腹痛等不適。身體強壯者咽喉反應更加劇烈，胃鏡檢查痛苦相對較重，身體虛弱者腸鏡檢查相對較痛苦。