血清陰性脊柱關節炎最常見的癥狀是腰背痛，多數患者在40歲以前就可以發病。反復發作的腰疼，間歇性或兩側交替出現臀部坐骨等處的酸痛，早期常有大腿根部疼痛、下肢不適、僵硬，逐漸發展到背痛、胸痛、頸部疼痛。這種疼痛在休息時往往更為明顯，翻身時常可以痛醒，嚴重時可以影響睡眠等正常的生理活動。清晨起床時，腰背部的疼痛往往會明顯地加重，而且僵硬，在活動時會明顯改善。 晨僵持續的時間和病情輕重有關，輕者數分鐘就可以緩解，但是重者持續時間可以長達數小時，甚至整個全天。晚期會出現脊柱的強直、駝背、不能彎腰、頭部活動明顯受限，嚴重的患者僅能看到自己足尖一小片的地方，而且不能抬頭平視，這是最典型的強直性脊柱炎的癥狀。年輕人的脊柱關節炎會先出現單側的足踝、足跟或膝關節的疼痛，經過數年后才會發展到腰背部的癥狀，極易被誤診成其他類型的關節炎而延誤治療。脊柱關節炎還會影響到全身，常會伴隨著銀屑病的皮疹、溢膿樣的皮膚角化，包括結節性紅斑、眼睛的結膜炎、葡萄膜炎，還可以出現口腔潰瘍、腸炎，甚至龜頭炎等表現。