不論6周藥物流產或何時藥物流產，均為人工阻止妊娠，會造成較大危害，其危害主要包括流產失敗、內分泌失衡、感染等，具體如下：1、藥物流產可能會出現副作用，使流產不成功，此時胎兒也不能保留，可能需要人工流產；2、流產后可能會造成短暫的內分泌失衡，一個月后即可恢復，也有部分人一次藥流后很長時間不能恢復，導致很長時間不孕；3、藥物流產完后還可能引起子宮收縮功能減退，引起遷延不愈出血，造成感染；4、還有部分人因為藥物流產后并無特殊表現而不好好休息，可能會引起盆腔炎，對下次懷孕造成不良影響甚至引起不孕癥。