克羅恩肛瘺屬于克羅恩病肛周病變，治療一般包括藥物治療和手術治療，現在主張多學科聯合治療，如內科藥物治療再聯合外科手術，如應用抗生素、生物制劑等克羅恩病藥物，還有非切割型掛線、手術聯合治療。 手術要把握時機，要在克羅恩疾病控制以后采取合適時間，采取合適階段進行肛瘺治療。手術方案有很多種，醫院可以進行中西醫結合、內外科聯合的中藥治療。在西醫手術藥物的基礎之上輔之中藥坐浴，進行湯劑保留灌腸。