克羅恩病主要表現為腹痛、腹瀉、營養不良，若患者腸道局部形成肉芽腫或腸粘連，可導致慢性不全腸梗阻，保守治療治愈可能性較小，應進行手術干預。克羅恩病還可伴腹腔內膿腫形成，因肉芽腫局部穿孔，從而形成腹腔內膿腫，伴隨發熱、營養不良等表現。 患者易發生腸瘺，此時應進行外科治療，腹瀉、營養不良也可危及患者生命。若克羅恩病遷延不愈、反復發作，可能導致癌變，造成結腸癌或直腸癌，治療較復雜，預后不佳。