膽管結石在初期通常并沒有明顯的癥狀，或者膽管結石的初期癥狀通常比較輕微，嚴重后因為阻塞膽道，可能會誘發疼痛、肝功異常以及膽道炎癥的問題。膽管結石包括肝外膽管及肝內膽管結石，尤其是肝內膽管結石，一般只有通過超聲才能發現存在于沿著膽管分布的高回聲結構，這些結石只要不阻塞膽管，患者就不會有明顯的不適，很多患者甚至連肝功能異常都不存在。而肝外膽管結石，在剛發生時由于沒有阻塞膽管，同樣也不會有明顯癥狀。但是當肝外膽管結石或肝內膽管結石阻塞膽管后，患者可能會出現不同程度的肝功能異常，主要表現為以轉肽酶、堿性磷酸酶為主的反應膽道通暢性的酶學異常，嚴重者可以出現膽紅素和轉氨酶的異常升高。當梗阻比較嚴重后，患者可能會出現顯著的上腹部絞痛，繼發細菌感染可能會出現發熱等全身的炎癥反應表現。