肛門膿腫需手術治療，肛門膿腫不是用藥物治療的疾病。肛門膿腫為肛腸軟組織受微生物侵襲，出現感染性炎癥性疾病，最終形成膿腫。但無論膿腫處于何種階段，是否可感知膿腫產生，包塊是否較硬或變軟，均應手術切開引流。部分人就診時包塊未形成膿液，過幾天形成膿后再切開引流即可。無論是否感覺到膿液形成，都應予以及時切開引流。此類團塊外表雖較硬，未感知到膿液存在，但實際膿腫內已有一定膿液存在。若未手術治療，膿液在包塊中未去除，僅靠人體吸收恢復需較長時間。同時膿液可能向四周波及，使肛門膿腫由簡單膿腫變為較復雜膿腫，且不易完全治愈，可能繼發肛裂、肛瘺。膿腫若未及時治療，可能繼發壞死性筋膜炎，即人體體表組織中筋膜出現混合性感染，包含厭氧菌感染甚至影響人的生命。