兩只眼睛瞳孔不一樣大的常見原因如下：1、單側瞳孔散大：常見于視神經傳導疾患，如外傷損傷到視神經，眶間視神經孔的損傷導致視神經營養障礙的損傷，甚至是視神經直接發生挫傷，同時某些感染，比如梅毒性視神經炎，也會造成視神經的傳導功能障礙，造成單側瞳孔散大。另外，中毒性視神經炎或視神經變性，也會造成單側瞳孔散大，中毒性視神經炎主要是患者喝了甲醇冒充的乙醇，或造鞋廠的化學品污染造成視神經中毒性的球后視神經炎，會導致單側瞳孔散大。此外，瞳孔散大還可以見于其它瞳孔括約肌麻痹，如青光眼、高眼壓時瞳孔括約肌麻痹或外傷時損傷虹膜組織；2、單側瞳孔縮小：常見于頸交感神經節的損傷，也稱之為Horner綜合征，其它的還包括膽堿能受體中毒，比如有機磷農藥中毒或使用縮瞳劑，如毛果蕓香堿等。