表皮樣囊腫的祛除方法首選手術，同時也是最推薦的治療方法。如果患者明確診斷為表皮樣囊腫，即可通過手術的方式祛除。該手術屬于比較基本、簡單的小手術，在就診當日局麻手術后即可回家，但是該手術需將表皮樣囊腫的囊壁完整的剝離和祛除，因為在手術中若未將囊壁祛除干凈，術后一段時間內可能導致復發，所以囊壁是否祛除干凈，直接關系到表皮樣囊腫是否會復發的可能性。 在剝離囊壁時，如果早期的病變，沒有反復發生感染的病變，手術比較簡單，囊壁與周圍組織界限比較清楚，沒有發生粘連，可以比較輕松的將囊壁剝離下來，但是如果囊腫已經多次發生感染，多次有膿腫、引流的病史，其囊壁已經遭到破壞，與周圍組織的關系不明確，會給手術帶來較大的麻煩，但是也務必將該位置的囊壁祛除干凈，減少復發的可能性。