尿結石疼痛部位較廣泛，常見的尿結石主要是腎結石、輸尿管結石、膀胱結石和尿道結石。腎結石的疼痛可能大部分會表現出腰部酸脹不適感，如果輸尿管結石疼痛較厲害，會產生腎絞痛、腰痛、左側肚子痛，個別情況下會出現放射痛，放射到大腿內側、陰莖、龜頭、陰囊等部位。膀胱結石的疼痛一般不會特別厲害，可能有下腹部酸脹不適。 另外，膀胱結石疼痛主要是解小便時疼痛，大部分是小便解到一半時產生劇烈疼痛，即膀胱結石疼痛。尿道結石疼痛也表現為解小便時疼痛。所以尿結石疼痛部位根據結石不同而不同。但尿結石大部分指輸尿管結石，多數可有腰痛伴有腹痛，有些人還有放射痛，放射到陰莖產生疼痛等。