胚胎性橫紋肌肉瘤占所有橫紋肌肉瘤病例的57%，5歲以下的橫紋肌肉瘤兒童中胚胎性橫紋肌肉瘤居多，是橫紋肌肉瘤中預后最好的類型。胚胎性橫紋肌肉瘤不一定表明來自母胎。橫紋肌肉瘤是由發育異常的早期肌肉細胞發展而來，目前確切的發病原因仍不明確，但可能與遺傳因素、染色體異常、基因融合等因素有關。 目前已知某些特定的基因或染色體異常和橫紋肌肉瘤發病有關，比如部分胚胎性橫紋肌肉瘤存在11號染色體雜合缺失，部分腺泡狀橫紋肌肉瘤中存在染色體易位，如2和13、1和13染色體分別形成相應的融合基因PAX3和PAX7。另外，有些遺傳疾病和先天綜合征，如利弗勞梅尼癌癥易感綜合征、Ⅰ型神經纖維瘤病、貝威綜合征等，也與橫紋肌肉瘤的發病風險增高有關。但需注意這僅能解釋極少數病例。 胚胎性橫紋肌肉瘤也是惡性腫瘤，僅少數病例發病與染色體、基因異常有關。