陰莖癌到了晚期，一般存活較差，大多數患者＜2年，具體的存活需要看患者的預期壽命，包括現在的年齡，以及體能狀況、營養狀況，還有更重要的是腫瘤的惡性程度，及轉移的負荷。一般如果患者出現了雙側腹股溝質硬的淋巴結轉移，3年內的預期存活不會超過30%。在患者出現高危的遠處轉移，特別是內臟的轉移，比如肺臟、肝臟轉移時，預期的存活一般可能會＜1年。如果在陰莖癌的成分中出現基底細胞癌、腺鱗癌，以及肉瘤樣癌，患者的預后會變得更加糟糕。因此陰莖癌需要采用以手術為基礎的綜合腫瘤治療，這樣才能有望改善患者的存活時間。