輔酶Q10最常見的副作用主要是胃腸道反應，比如有些人吃了以后會覺得腹脹、腹部不適、腹部有燒灼感或者有惡心等癥狀，還有一些患者會出現皮膚瘙癢、過敏性紅斑。有一些患者吃了以后會起全身的皮疹，這些考慮是對輔酶Q10的成分過敏。 輔酶Q10主要是用于心肌保護，肝炎患者、癌癥綜合征患者，在臨床中診斷了病毒性心肌炎，或者是心功能衰竭的患者，可能會給予口服輔酶Q10以保護心肌。對于有慢性肝炎、還有病毒性肝炎、慢性活動性肝炎的患者也會給予口服輔酶Q10，癌癥綜合征患者會給予口服輔酶Q10來減少癌性疼痛，同時也會減少癌癥對心臟的損傷，保護心肌，給心肌提供能量。 輔酶Q10具有輕微的降血糖作用，所以對于正在服用降糖藥物的患者，要注意監測血糖，還有輕微的抗凝作用，對于正在服用抗凝藥物的人，要注意監測凝血功能，對于嚴重肝腎功能不全的患者要慎用，兒童、哺乳期婦女、孕婦禁用。