由于現在科學發展，飛秒激光在近視激光手術里運用越來越廣泛，亦最常用，是最受歡迎的一種手術方式。任何手術皆有風險，飛秒激光手術亦不例外，但飛秒激光手術風險較低，多見以下幾種手術風險： 1、矯正不足即近視未完全矯正； 2、過矯即本來是近視手術后變成遠視； 3、屈光回退即手術后已治好，但又慢慢出現近視，此情況較多； 4、干眼癥，較多手術前本身有眼干澀的患者，手術后有可能會加重，若有這些問題，需注意檢查清楚； 5、非常少見但較嚴重的并發癥，包括角膜感染、角膜擴張、圓錐角膜，若發生這些嚴重并發癥，可對眼睛造成不可逆的嚴重視力下降，但此情況非常罕見。