射精時疼痛通常為前列腺炎或精囊炎所致，若為射精后疼痛則無需擔心，可能由于局部肌肉勞累所致。如果患者在射精時疼痛則與射精部位有關，如果存在精囊炎癥，由于在射精時精囊需要擠壓、收縮才可將精液擠出，而在擠壓過程中會讓精囊受到進一步刺激，進而出現疼痛癥狀。此外，在精液射出過程中必然要沖刷部分前列腺，如果前列腺存在炎癥，在精液流過的過程對前列腺沖刷也會產生一定刺激。理論而言，規律排精對于緩解精囊炎和前列腺炎有益處，但在精液排出過程中，也會由于刺激而造成局部疼痛、不適。當射精時發生疼痛通常均發生在盆腔深處即會陰部，該疼痛是精囊或前列腺發生炎癥而引起。雖然不建議單純因為疼痛而抵觸性生活或抵觸排精，但發生該疼痛時需要到醫院進行規范檢查和治療，而規律排精對于緩解精囊炎癥和前列腺炎也有好處。隨著治療后病情好轉，在排精過程會發現疼痛逐漸減輕。