肝內膽管結石疼痛癥狀，一般與肝內膽管結石大小和位置相關。疼痛與膽囊結石疼痛相似，表現為右上腹隱痛，大部分人會表現為間斷發燒、黃疸、膽管炎發作。疼痛多半與飲食相關，例如進食油膩食物后會出現右上腹脹痛不適、低燒，甚至伴有寒戰、高熱等急性化膿性膽管炎表現。如果結石體積適中，沒有造成膽道完全梗阻，無過多癥狀。 很多肝內膽管結石于肝內鈣化灶有時很難鑒別，如果不伴有膽管擴張，結石較小基本無任何癥狀，所以不會引起疼痛。如果出現右上腹疼痛同時發現肝內膽管結石，首先鑒別是否為肝內膽管結石引起疼痛。因為右上腹疼痛還可能存在其它病因，例如胃腸道問題、結腸問題有可能會引起右上腹疼痛。所以需要明確疼痛部位、性質、誘因以及它疼痛牽涉程度，綜合鑒別診斷是否因為肝內膽管結石導致疼痛還是因為其它病因導致疼痛，從而能夠針對病因進行相對癥治療。