腦干梗塞最佳治療越早越好。因為腦細胞需要的氧氣和能量來自血液，自身沒有存儲，所以對于缺血的耐受性特別差。如果阻斷腦組織供血動脈，幾分鐘就會發生腦細胞的不可逆死亡。因此越早開通閉塞動脈，恢復供血，治愈的可能性就越大，無論是腦干還是其它部位都是如此。所以時間就是大腦。目前最好的治療公認是溶栓，還有取栓治療，但溶栓治療有時間限制，目前限制在4.5小時以內，必須要把溶栓藥物輸入進靜脈，如果超過時間窗再去溶栓，出血的風險就會明顯增加。所以腦干梗塞，尤其是供應腦干的基底動脈閉塞，引起的梗塞癥狀會比其它部位更嚴重，預后也會比其它部位更差。腦干的溶栓和取栓時間在臨床上可以適當延長，但無論是哪兒的梗塞都越早越好。