因為腸鏡是從肛門檢查腸道，大部分患者懷疑腸道大便較臟，檢查結束后消毒是否干凈。患者不用過于擔心，腸鏡消毒很干凈。腸鏡檢查完之后，首先要用濕紗布擦去外表污物，再送到消毒間進行消毒。常規消毒過程有以下幾步： 1、水洗：用流動水沖洗，反復沖洗鏡身、附件和管道； 2、酶洗：沖洗干凈之后進行酶洗，由于有很多酶液，需洗掉粘附的黏液，甚至血液組織； 3、清洗：用流動水再次反復清洗鏡身、附件和管道，沖洗完之后用氣槍充氣，把管道內的水分排干凈，以免稀釋消毒液； 4、消毒滅菌：用消毒液，如常用戊二醛或者酸化水浸泡，根據消毒液的消毒效果不同，浸泡5分鐘甚至20分鐘、半小時； 5、沖洗：浸泡結束之后進行終末沖洗，用流動水反復再次沖洗鏡身和管道。 所以腸鏡消毒很徹底，不用過于擔心。