腦內小缺血灶常見于高血壓引起的腦部小動脈玻璃樣變。血管長期在壓力的情況下，管壁會增厚，形成像玻璃樣的病變，管壁增厚后會導致管腔狹窄，甚至閉塞，一旦管腔狹窄、閉塞后，供血減少，這塊腦組織可能會出現梗死表現，形成小缺血灶。 原因一方面來源于動脈硬化，另一方面，血管內膜受到沖擊后會形成斑塊，斑塊類似于水管上的垢，當垢不結實時，可能有細小斑塊脫落，隨著血流沖擊到遠端小血管，小的斑塊不能通過血管，就會發生小血管堵塞，從而造成小血管供應范圍內的腦組織梗死，形成小缺血灶和梗死灶。除高血壓外，糖尿病、血脂異常、同型半胱氨酸等也可導致腦內小缺血灶。