胃腸道間質瘤是相對惡性程度偏低的腫瘤，靶向藥物治療效果較好，胃腸道間質瘤轉移以后，如果能得到有效治療，存活時間相對較長，可存活3-5年甚至更長時間。一方面與轉移數目、大小及分布在不同器官有關，一方面也與患者身體條件、個體差異有關，但可以肯定的是胃腸道間質瘤即便轉移以后用藥物治療，效果也比較好。如果患者已經出現胃腸道間質瘤轉移，局部轉移可以通過手術方式來再次手術，進行切除，反復切除，如果出現全身轉移，則可以通過靶向藥物治療來抑制控制腫瘤生長，盡可能延長患者生命。目前靶向藥物治療對胃腸道間質瘤非常有效，出現轉移后如果能得到有效治療，非常有希望生存3-5年甚至更長時間。