連花清瘟和999感冒靈主要區別是二者成分不一樣，連花清瘟是純中藥制劑，而999感冒靈是中藥和西藥的成方，中藥的成分也不一樣。連花清瘟主要是由連翹、金銀花、苦杏仁、菊花、知母等各種成分進行提取制成的顆粒或者膠囊，主要作用是清熱涼血，用于上呼吸道感染以及肺熱，對于新型冠狀病毒肺炎也有一定療效。而999感冒靈是由中藥和西藥復方制劑組成，中成藥成分主要有金盞銀盤、菊花、崗梅以及知母、石膏，也是有清熱瀉火、涼血的作用。西藥成分有對乙酰氨基酚、撲爾敏和咖啡因，這些成分組合到一起有解熱鎮痛、清熱涼血的作用。相對來說感冒用999感冒靈，就不用再吃西藥，但是用連花清瘟如果不能夠控制癥狀，還需要加上康泰克或者快克這些西藥，才能夠控制癥狀，所以二者有非常大的區別。