疼痛是肛裂最常見，也是最主要的癥狀，部分裂口較淺，還處于新鮮裂口時疼痛一般較輕微，一般這時候都能耐受，因此這時可以采用溫水坐浴或中藥止痛，如神湯坐浴進行緩解，同時使用具有消炎、促進裂口生長膏劑涂抹在裂口，從而促進裂口愈合，例如常用龍珠軟膏、京萬紅軟膏、濕潤燒傷膏等藥膏，對于消除裂口潰瘍、促進裂口愈合有很大幫助。 如果疼痛較厲害還可以使用硝酸甘油軟膏，對消除肛裂括約肌痙攣，對于裂口愈合有很大幫助。如果疼痛劇烈，特別表現排便時疼痛，排便后疼痛最長有時可以持續一天，患者整整一天難受或無法忍受時，需要考慮陳舊性肛裂，這時裂口較深，同時會出現內括約肌痙攣，會出現三聯征陳舊性肛裂表現，這時用藥無法起到有效作用，因此這時需要選擇手術治療，手術后可以使用活血化瘀、消腫止痛中藥促進傷口愈合。