晚期肝癌患者死亡的原因，主要是肝功能衰竭引起的肝性昏迷、腹腔內的出血以及嘔血、黑便等。所有人體所需的營養物質都由肝臟合成，因此當肝臟被腫瘤完全占據以后，患者會非常消瘦，因為人體整個的營養物質都無法合成，患者會有大量的腹水，導致丟失大量的營養物質。另外，肝功能衰竭以后，患者會出現黃疸，因為膽汁無法正確被處理，所以黃疸程度會比較嚴重。因為肝臟是一個非常重要的解毒器官，肝癌晚期肝臟的解毒作用會消失，所以到晚期以后，患者會出現神志不清、昏迷，即肝昏迷，是導致患者最后死亡的重要原因。此外，肝臟也具有止血的功能，因為很多凝血因子由肝臟產生。肝硬化以后患者的腸道靜脈曲張，容易導致患者出血，包括腫瘤自身生長速度太快導致的破裂出血，也包括消化道的出血、嘔血、黑便，也是導致患者死亡的一個重要原因。