口腔潰瘍常見的是復發性口腔潰瘍和創傷性潰瘍，一般很少吃藥，進行局部治療即可。所以復發性口腔潰瘍比較常用的治療方式是局部漱口，可以用康復新液、西帕依固齦液等，可以用促進潰瘍愈合作用的藥物漱口，在局部涂抹促進潰瘍愈合作用的潰瘍膏、潰瘍散或潰瘍貼片，也可以使用重組人表皮生長因子凝膠、曲安奈德口腔軟膏。如果是創傷性潰瘍，治療重點是去除創傷的因素，比如將牙齒的殘根拔出或將殘冠補好，不用藥也容易愈合。臨床主張應用局部治療藥物，所以口腔潰瘍可以不吃藥，除非特別嚴重反復發作的復發性口腔潰瘍，如皰疹樣阿弗他潰瘍或重型阿弗他潰瘍，需口服藥物治療。如果出現癌性潰瘍，即口腔內發生菜花樣、草莓樣潰瘍，持續不好的癌性潰瘍，主要采用手術切除來治療。