多重耐藥細菌的感染，一般不會引起終身感染，但可以引起復發。引起復發的因素，一般多與以下因素相關：1、治療療程不夠、過早停藥：多重耐藥菌感染，一般多見于院內感染，或者是本身有嚴重的基礎疾病，治療的療程通常非常長，如果過早停藥，可以引起復發；2、導管、引流管、假體引起的感染：如果多重耐藥菌感染，是由于體內各種內置的導管，或者外置引流管，或者各種假體引起的感染，這種情況，細菌不容易徹底清除。如果僅是臨床表現或者炎癥指標恢復到正常，就停藥，細菌可能沒有徹底清除。因為細菌比較容易附著在這些內置或者外置導管上，也可以附著在假體上，附著在這些物體上的細菌不太容易清除掉，所以，容易導致復發。這一類的感染復發之后，一般需要重新內置導管，或者換用新導管，必要時還需要重新置換假體，這樣才能夠減少病情復發。